Tháng 8 năm 1957, Michiko gặp gỡ hoàng thái tử Akihito tại một sân quần vợt ở Karuizawa. Hội nghị Hoàng thất (một cơ quan ban gồm Thủ tướng Nhật Bản, các viên chức chủ tọa của hai viện trong Quốc hội Nhật Bản, thẩm phán tối cao, và hai thành viên trong hoàng tộc) đã chính thức tán thành việc để Shōda Michiko lên làm Hoàng thái tử phi vào ngày 27 tháng 11 năm 1958.

Trong thập niên 1950, nền quân chủ Nhật Bản trong đó có cơ quan Cung nội thính (Kunaicho) sẽ chọn hôn thê cho Hoàng thái tử Akihito từ tầng lớp quý tộc cũ (Kazoku hay Hoa tộc) hoặc một nhánh xa trong hoàng tộc. Một số người bảo thủ phản đối hôn sự, do Michiko theo trường Công giáo (mặc dù bản thân cô dâu tương lai không phải là Kitô hữu) cùng với việc Hoàng hậu Kojun cũng không đồng tình. Khi hoàng hậu Kojun qua đời vào năm 2000, Reuters đưa tin rằng có Hoàng hậu Kojun đã khiến con dâu phải suy nhược thần kinh vào đầu thập niên 1960.[10].

Hai người kết hôn vào ngày 10 tháng 4 năm 1959. Họ có ba người con là:

• Thiên Hoàng Naruhito: sinh ngày 23 tháng 2 năm 1960
• Thân vương Fumihito: sinh ngày 30 tháng 11 năm 1965
• Cựu Nội thân vương Sayako: sinh ngày 18 tháng 4 năm 1969

Sau khi Thiên hoàng Hirohito qua đời vào ngày 7 tháng 1 năm 1989, phu quân của bà trở thành Thiên hoàng thứ 125 của Nhật Bản và bà trở thành Hoàng hậu. Thiên hoàng và Hoàng hậu mới được đưa lên ngôi (Sokui Rei Seiden no Gi) tại Hoàng Cư ở Tokyo vào ngày 12 tháng 11 năm 1990.

Từng bị mất đi giọng nói trong bảy tháng trong đợt mắc chứng suy nhược thần kinh vào thập niên 1960, Hoàng hậu lại bị mất giọng nói trong vài tháng vào mùa thu năm 1993.